Управление полетом МКС осуществляется из двух Центров: российским сегментом из ЦУП-М ( г. Королев, Россия), американским сегментом из ЦУПХ (г.Хьюстон, США).

В ЦУП-М для программы МКС оборудован один из двух Главных залов управления, который создавался в свое время для обеспечения полета корабля «Буран». По мере расширения программы к работе будут привлекаться и другие так называемые малые залы. Один из них уже работает, управляя полетом первого модуля МКС ФГБ «Заря».

Для повышения надежности управления и безопасности полета в ЦУП-М развернут сектор управления американскими модулями, входящими в состав МКС. Задачей специалистов НАСА, работающих в этом секторе, является проведение операций по управлению полетом американского сегмента в случае выхода из строя ЦУП-Х. 

Аналогичный российский сектор управления развернут в Хьюстоне. Оба Центра - российский и американский связаны всеми необходимыми линиями связи, и между ними идет круглосуточный обмен информацией

К непосредственному управлению полетом ЦУП-М приступает сразу после отделения космического аппарата от последней ступени ракеты носителя и несет ответственность за весь его орбитальный полет.